Верно: согласно протоколу, согласно письму.
1. В значении "ради исполнения": во исполнение.
2. Корректно: срок предоставления.
Форма именительного падежа множественного числа - протоколы.
Корректно, если судить по примерам в тематической литературе: порученческие пункты.
Верно: Ответственность за исполнение пунктов протокола возложить на И. И. Иванову, заведующую кафедрой коррекционной педагогики.