В предложении Нет, напрасно мы решили прокатить кота в машине частица нет употреблена для эмоционального привлечения внимания собеседника к высказыванию и членом предложения не является.

В этом предложении подлежащее находится внутри деепричастного оборота. Деепричастные обороты, включающие в свой состав подлежащее (разумеется, не выделяемое внутри оборота запятыми), встречаются в стихотворных текстах у поэтов-классиков. Ср. другие примеры: Услышав граф её походку и проклиная свой ночлег и своенравную красотку, в постыдный обратился бег (А. С. Пушкин); Но рабскую верность Шибанов храня, свово отдаёт воеводе коня (А. К. Толстой).

Эта запятая не нужна.

Предпочтительна форма среднего рода единственного числа: На березе сидело 15 ворон. Улетело 5 ворон. Прилетело 7 галок. Сколько птиц теперь на березе?

Причастный оборот, стоящий после определительного местоимения всё, образует с ним единую группу и не обособляется. См. параграф 50 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Правильно: озеро Горных Духов (если таково действительное, «официальное» наименование озера, а не его образное название).