Предложение составлено корректно.
После воссоединения Восточной и Западной Германии директор Европейского департамента в 1995 г. в специальном документе (со ссылкой на договоренность министерств иностранных дел России и Германии) подчеркнул решение сторон не склонять по падежам слово Германия в официальном названии государства – Федеративная Республика Германия.
Следует писать слитно.
Указанна запятая нужна. Тире не требуется.
Запятая не нужна, так как союз и соединяет части сложносочиненного предложения, но имеется общий второстепенный член в ходе расследования.
Можно, смотря что имеется в виду.
Для серьезного знакомства следует поискать в книжных магазинах труд А. Э. Мильчина "Справочник издателя и автора".
Фраза грамматически некорректна, поскольку неверно сочетание: одной из основных... истоков. Нужно перефразировать.