Слова "по крайней мере" в данном случае являются частицей, которая ограничивает, уточняет последующий член предложения. Поэтому запятые не требуются.
Если последующий текст не заключен в кавычки, совсем не обязательно оставлять точную цитату. Обратите внимание, что в Вашем варианте некорректно употребляется зависимое слово при однородных членах. Возможный вариант: Согласно ст. 82 ТК РК, продолжительность, время начала, окончания ежедневной работы (рабочей смены) и перерывов в ней определяются с соблюдением...