Правильно: с окончанием срока действия договоров подряда (у договоров подряда один и тот же срок действия) и с окончанием сроков действия договоров подряда (сроки действия договоров разные).
Нет, фраза некорректна.
Предпочтительно: подана.
Правильно: в Сергиевом Посаде.
Правильно: не убранная со стола посуда.
Трудно судить о правильности фразы вне контекста. Что такое "посадка церквей"?