Верно: стоп-линии.
Если это две линии, то верно: линии А и Б.
Правильно: количество судов на линии, необходимое для освоения грузопотока.
Оба варианта возможны в разговорной речи.
Верно: сообщает, так как главное слово в названии организации – агентство.
В данном случае следует писать со строчной буквы.
Лучше употребить без прилагательного, как во втором варианте.
Верно: Линии Октябрьской Железной Дороги, улица.
Постановка запятой не требуется.