Корректно: в Костроме, в городе Костроме.
Топонимы в сочетании со словом остров обычно не склоняются. Поэтому верно: на острове Коневец. Подробнее см. в "Письмовнике".
При сохранении общего смысла "на острова" предпочтительно использование предлога НА: на Южную Георгию и Южные Сандвичевы Острова.
Топонимы с родовым словом остров обычно не склоняются: на острове Кипр.
Орфографически правильно: Каймановы Острова. В соответствии с Общероссийским классификатором стран мира название страны – Острова Кайман.
Верно: Прибрежные мегаполисы и некоторые населенные острова, например Мальдивы, будут затоплены.
Запятая в скобках нужна.
Запятые расставлены верно.