Все приведенные слова являются омофонами — словами, которые произносятся одинаково, но пишутся по-разному. Омофоны, строго говоря, омонимами не являются.

В указанных местах необходимы запятые по правилу обособления несогласованных определений, относящихся к именам собственным и личным местоимениям (см. пункты 1 и 3 параграфа 18.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Обратите внимание, что в первом предложении пояснительный оборот нужно отделить с помощью тире, а не двоеточия, а в составе количественного числительного склоняются все части, включая сто: И вообще, мы с Денисом весим одинаково — девяносто килограммов. Только, с его почти двухметровым ростом, Деня кажется дрыщом, а я, со своими ста шестьюдесятью сантиметрами, выгляжу форменным колобком.

См. ответ на вопрос № 277065.

Русское ударение тем и трудно, что одинаково выглядящие слова при изменении по падежам могут иметь неодинаковое ударение. Ср. также: га́достей, гру́бостей, сла́бостей, но областе́й, повесте́й, новосте́й (примеры Н. А. Еськовой). Это объясняется историей русского языка и сложными внутренними процессами, происходящими в нем. Подробнее о русском ударении можно узнать из лекции академика А. А. Зализняка.

Мужская и женская фамилия склоняются одинаково: Калыта́, Калыты́, Калыте́, Калыту́, Калыто́й, о Калыте́.

Нет, это не паронимы. Паронимы — это либо однокоренные слова, близкие по значению или частично совпадающие в своем значении (драматический — драматичный), либо разнокоренные слова, близкие по звучанию и вследствие этого смешиваемые в речи (экскаватор — эскалатор). Близкие по звучанию, но не одинаково звучащие, как компания и кампания. 

Фамилия Малина (и мужская, и женская) склоняется как соответствующее нарицательное существительное: Малина, Малины, Малине, Малину, Малиной, о Малине.

«Большой толковый словарь русских глаголов» указывает, что варианты преисполняться чего и преисполняться чем одинаково возможны.

Слово кандзи́ не склоняется. Ударение ставится на второй слог, о чем свидетельствуют пометы в тематической литературе. В речи, при указании на один знак (иероглиф), может употребляться как существительное мужского или среднего рода; ср. этот кандзи, второй кандзи, одно кандзи. 

В данном случае запятая перед словом "боже" не нужна.

Следует различать междометия и одинаково звучащие частицы: после междометий запятая ставится, после частиц — нет. Ср.:

О, это была бы райская жизнь!.. (Г.) — О поле, поле! Кто тебя усеял мёртвыми костями? (П.);