Правильно: Ты не прополол вовремя сорняки, и теперь они мешают расти репке.
Корректно: зачастую не вовремя.
Если слово вовремя относится к обоим определениям, то оба они пишутся раздельно: не заполненный и не сданный. Если только ко второму, то корректно: незаполненный и не сданный вовремя...
Не хватает запятой перед как.
Запятые не ставятся.