Постановка запятой факультативна.
Запятая перед и не нужна.
1. Лучше разбить предложение на части. Возможный вариант: Во время отсутствия экономиста его обязанности исполняет сотрудник, назначаемый в установленном порядке. Сотрудник имеет... 2. А что означает оперативно в этом случае?