Правильно: Что такое воспоминания и как мозг хранит их? Запятая не ставится, поскольку части сложносочиненного предложения объединены вопросительной интонацией.

Вариант с вопросительным знаком в середине предложения и последующей строчной буквой не соответствует современной пунктуационной норме.

Предпочтителен первый вариант. Обособлять выражение по своему усмотрению не нужно.

Скорее, на усмотрение редактора (не автора). Существуют разнообразные системы рубрикации, главное - выбрать какую-то одну и строго ее придерживаться.

Употребление буквы ё в официально-деловых документах, научных работах и текстах иного рода не обязательно, но и не запрещено.

Согласно изданным в 1956 г. «Правилам русской орфографии и пунктуации» ё обязательна для употребления лишь в следующих случаях: 1. Когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, напр.: узнаём в отличие от узнаем, всё в отличие от все; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное) и т. д. 2. Когда надо указать произношение малоизвестного слова, напр.: река Олёкма. 3. В специальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языка, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения.

В новой редакции «Правил русской орфографии и пунктуации» (2006) было добавлено, что рекомендуется употреблять букву ё для указания правильного произношения слова — либо редкого, недостаточно хорошо известного, либо имеющего распространенное неправильное произношение, например: сёрфинг, флёр, щёлочка, в том числе и для указания правильного ударения, например: побасёнка, осуждённый, новорождённый; а также в собственных именах — фамилиях, географических названиях, например: Конёнков, Неёлова, Катрин Денёв, Дежнёв. При этом по желанию автора или редактора любая книга может быть напечатана последовательно с буквой ё.

Правильно: по вашему усмотрению.

Придаточное предложение может относиться как к первому, так и ко второму слову – на усмотрение автора.

Запятая ставится на усмотрение автора.