Возможны оба варианта. Слово существо в знач. 'нечто живое' употребляется и как одушевленное, и как неодушевленное существительное.
Предпочтительна форма единственного числа сказуемого.
В этом предложении дополнительные знаки препинания не нужны.
См. «Письмовник».
О районе правильно: живет в Выхине (строгая литературная норма) и живет в Выхино. Предлог на используется, если речь идет о станции метро, ср.: живет на «Бабушкинской».
Все три варианта возможны, мы бы выбрали первый.
Плоды были не на деревьях, не между ними и не на дороге.