Корректно: Регламент разработал начальник группы Иванова Наталья Николаевна. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Оба варианта имени верны, однако в документах одного человека должен последовательно использоваться только один вариант (либо Наталья, либо Наталия).
В обоих случаях в концовке письма запятая будет уместна.
Наталья - изначально разговорная (русская) форма, Наталия – церковная. Сейчас Наталья и Наталия считаются вариантами одного и того же имени. Однако в документах одного человека написание должно быть единообразным (либо только Наталия, либо только Наталья).