Оба варианта имени верны, однако в документах одного человека должен последовательно использоваться только один вариант (либо Наталья, либо Наталия).
Корректно: Регламент разработал начальник группы Иванова Наталья Николаевна. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Правильно: Наталье (если в именительном падеже – Наталья) и Наталии (если в именительном падеже – Наталия).
В обоих случаях в концовке письма запятая будет уместна.