Запятая перед если ставится, чтобы выделить придаточное предложение.
Да, частица так вот, выражающая переход от одной мысли к другой, от сказанного к тому, что из этого следует, обычно обособляется. Запятая в Вашем предложении поставлена правильно.
Основная работа, за которую мне платили деньги, - экспертиза заявок на изобретения - напрямую не касалась моей научной деятельности.
Правильно: не посвященный во все тонкости.
Такая пунктуация возможна.