Это несклоняемое существительное.
По-русски этот город по-прежнему называется Алма-Ата, склоняется вторая часть этого названия: в Алма-Ате. Если название города употребляется в форме Алматы (каз.), оно не склоняется: в Алматы.
Название склоняется, если нет родового слова: в Колпине, из Колпина. Но: в городе Колпино.