В современном русском языке корень клюкв- (клюков-). Такой корень выделяет А. Н. Тихонов в «Морфемно-орфографическом словаре». Исторический корень, возможно, клюк-. Этимология слова пока однозначно не установлена. По одной из версий клюква – производное от той же основы, что и клюкать, ключ «родник».
Омонимия – звуковое совпадение языковых единиц, различных по значению. Омонимами могут быть слова (ключ для замка и ключ – родник), но могут быть и синтаксические конструкции, например: чтение Солженицына (Солженицын читает или читают произведения Солженицына), письмо Виктории (письмо от Виктории или письмо к Виктории). Такие конструкции и называют омонимичными.