Вы написали верно: неизученные и плохо изученные берега.
Фамилии на -а неударное склоняются. Подробно см. в Письмовнике.
Запятые не нужны, верен первый вариант.
Задайте, пожалуйста, вопрос по русскому языку. Кстати, запятая в Вашем вопросе не нужна.
Середа, Середы, Середе и т. д.
Это предлог.
Верно: Вдруг они, сговорившись, улетают прочь от берега.
Вводное слово как обычно обособляется: Сережа, как обычно, сидел в углу дивана.