В значении "слева и справа от креста" - по сторонам от креста. В значении "на левой и правой сторонах креста" - на сторонах креста (по сторонам креста).
Со словом кресло употребляется предлог в: сидит в кресле.
Правильно: Высокий, прямой, он сидел в кресле, положив ногу на ногу.
Корректно без запятой.
Корректно: сидеть в кресле.
В религиозных текстах принято написание с прописной.
Верно: базироваться в Бресте (в знач. "размещаться, дислоцироваться").