В значении "слева и справа от креста" - по сторонам от креста. В значении "на левой и правой сторонах креста" - на сторонах креста (по сторонам креста).

Со словом кресло употребляется предлог в: сидит в кресле.

Корректно без запятой.

Правильно: Высокий, прямой, он сидел в кресле, положив ногу на ногу.

Корректно: сидеть в кресле.

В религиозных текстах принято написание с прописной. 

Да, в церковно-религиозных и религиозно-философских текстах местоимения, заменяющие слова Бог, Божий, пишутся с прописной буквы. Также с прописной буквы не в начале предложения местоимения могут быть написаны в тех контекстах, где им придается особый высокий смысл (например, написание Ты, Твой с прописной у А. А. Блока при обращении к Прекрасной Даме как к неземной женщине, к божеству: Предчувствую Тебя. Года проходят мимо — // Всё в облике одном предчувствую Тебя. // Весь горизонт в огне — и ясен нестерпимо, // И молча жду,— тоскуя и любя).