Запятая не нужна.
Правильно: в городе Краснодаре.
Правильно: в Краснодаре (Я живу в Краснодаре, в Москве, в Петербурге и т. д.). В канцелярской речи употребляется вариант в г. Краснодаре, в городе Краснодаре.
Тире не требуется.
Пунктуация корректна.
Такую проверку можно назвать исторической, так как указанные Вами слова не являются в современном русском языке однокоренными, но они исторически родственные. См. об этом здесь.
Запятую ставить не нужно. Ошибок нет.