Запятую надо поставить. Слова в конце концов, выражающие недовольство, нетерпение, раздражение, обособляются как вводные.
Могут быть варианты: В конце концов, предупрежден – значит вооружен и В конце концов, предупрежден, значит вооружен.
Общее правило: формы на -ие (в т. ч. сидение 'действие', везение) стилистически нейтральны и общеупотребительны; формы на -ье употребимы в разговорной и поэтической речи. Однако в ряде случаев формы на -ье могут быть основными или единственно верными. Так, правильно только сиденье в знач. 'место или предмет, на котором сидят'.