Пунктуационное оформление корректно.
Верно: существа обитают на рифе.
В указанном примере запятые уместны.
Запятая уместна. Слова по существу могут выделяться как вводные в знач. 'в сущности говоря'.
Корректно: Выдвинули «Левиафана» на «Оскар».
Ответить на Ваш вопрос мы попросили д. ф. н. М. Я. Дымарского.
В структурно-семантической классификации такие предложения квалифицируются как сложноподчиненные, нерасчлененной структуры, с корреляционной связью, местоименно-соотносительные отождествительного типа, количественной разновидности. В школьной грамматике такие предложения не рассматриваются.
Знаки препинания стоят правильно.