Фамилия Кочура склоняется (и мужская, и женская). Подробные правила склонения фамилий см. в рубрике «8familii/">Азбучные истины».

Правильно слитное написание: Христорождественский собор.

Мужские фамилии, имеющие основы на согласные и нулевое окончание в именительном падеже (на письме они кончаются согласной буквой, ь или й), кроме фамилий на -ых, -их, склоняются. То есть верно: Кокуса Михаила. Подробности - в "Письмовнике".

Верно: собачья (будка, конура и т. д.).

Выделенные слова соответствуют стилю предложения. Если стремиться уйти от канцелярского стиля, то нужно исправлять все предложение. Предлагаем такой вариант: Если нарушены условия хранения и повреждена кожура, то в овоще могут размножаться бактерии. 

Ученые полагают, что это слово относится по своему образованию к очень старым словам с редкой приставкой ка-, ко-, ср.: калека, конура (при нора), диалектное калуга, калужа (при лужа). Его возводят к славянскому корню верз- (< *vьrz) 'соединять, связывать, плести' > 'лгать' (плести вздор). Ср. диалектный глагол верзить 'лгать, врать, плести вздор'.

Вы написали верно.