Если в логотипе и на вывеске используются два слова «Клиника» и «Николаевская», то при написании следует придерживаться этого же формата: Клиника Николаевская. Это необходимо для сохранения единства и узнаваемости бренда. 

Нормативны оба варианта.

Верно: две телефонные линии.

При сокращении корректно написание или с пробелом (мед. деятельность), или как сложносокращенного слова — без точки (меддеятельность). Пробелы иногда не ставят, чтобы части сокращения не могли оказаться на разных строчках. Эта проблема решается использованием непечатного символа «неразрывный пробел». 

В обиходной речи корректно: 11-я линия (без "улицы"). В справочных изданиях: 11-я линия ул.

При написании названий линий как систем защитных укреплений, редутов можно ориентироваться на зафиксированные в орфографических словарях названия линия Маннергейма (Орфографический академический ресурс «Академос»), Баг­ра­тио­но­вы фле­ши (Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011). В составном наименовании корректно писать первое слово с прописной буквы: Швейцарский национальный редут.

При обозначении адреса верно: 1-я линия В. О. и 1-я линия Васильевского острова.