Но(,) применяя их грамотно, со знанием их свойств, можно избавиться от многих недугов.
ответ
Требуется более широкий контекст. Если слова применяя их грамотно, со знанием их свойств можно переставить в конец предложения, то указанная запятая нужна. Если переставить нельзя -- не нужна.