Судя по данным толковых словарей, подготовленных профессиональными лексикографами, значения слов индийцы и индусы разошлись. Актуальное значение для слова индусы — 'индийцы, исповедующие индуизм', а для слова индийцы – 'представители народов, составляющих коренное население Индии'.
Большой толковый словарь
Данные примеры иллюстрируют не чередование в корне; это примеры разных (хотя и похожих внешне) корней.
Нет, с точки зрения морфемики это не однокоренные слова.