Верно: микробно-биологический. А откуда рекомендация о "первично-активном"?
Допустимо и слитное, и раздельное написание.
Большой толковый словарь
Система постоянных наблюдений, оценки и прогноза изменений состояния какого-л. природного, социального и т.п. объекта. Биологический, экологический, культурный м. Система мониторинга. < Мониторинговый, -ая, -ое. М-ые данные.
А в чем разница между физиологическим и естественным для автора этого предложения? Зачем он использовал оба слова?
В данном случае производитель, он же автор названия - единственный источник нормативного произношения.
В словарях устойчивых выражений сочетание гладкий как зеркало не зафиксировано, и пропускать парные запятые при нём нет оснований. Обособление сочетания как зеркало в приведенном Вами примере необходимо ещё и потому, что без него в предложении возникает сочетание *как зеркало водяную поверхность.