Вы правы, в формах косвенных падежей эти названия совпадают, возможна путаница. Это одна из причин, по которым несклонение топонимов на -О считается допустимым. См.: http://gramota.ru/class/istiny/istiny1toponimy/
По-видимому, здесь следует написать при выполнении им.
Запятая нужна, поскольку это сложноподчиненное предложение.