Все названные Вами варианты возможны.
Верно: трех дочек.
1. Марина, дочь Михаила... Но в законченном предложении: Марина – дочь Михаила.
2. Поездка дочери Михаила Марины...
Если имя отца записано в его паспорте как Рафик, то отчество дочери – Рафиковна.
Если термин интерфикс понимать широко (как соединительный элемент, помещаемый между двумя корнями или между корнем и суффиксом), то элементы -ер- (матери), -ес- (небеса) нужно относить к интерфиксам. См., например, статью «Аффикс» в энциклопедическом словаре «Языкознание» (М., 2000, с. 39) или учебник «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников» Е. И. Литневской).
Фамилия должна склоняться. Правило см. в «Письмовнике» (пункт 13.1.11).