Правильно: в городе Самаре, в город Самару. Подробнее см. в «Письмовнике».
Это имя собственное склоняется, форма винительного падежа: Жан-Клода Ван Дамма (см. «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко).
Правильно: в городе Самаре.
Логика та же, корректно писать без кавычек.
Верно: Общество с ограниченной ответственностью "Ромашка", находящееся по адресу: г. Самара...
Слова ближнее зарубежье и дальнее зарубежье следует писать строчными.