Название класса корректно написать с прописной буквы.

Кавычки не нужны.

Лучше: являются основой.

Да, оба варианта верны.

Название в кавычках не склоняется, так как есть родовое слово МБГОУ: ученицы 6 "Б" класса МБОУ "Лицей № 6"...

Специальных правил оформления литеры в названии класса нет. В прочих случаях литерные добавления, как правило, пишутся строчными буквами без кавычек и присоединяются без пробела и без дефиса к предшествующей цифре: рисунок 1а, пункт 2д, дом 3а и т. д. Поэтому по аналогии можно было бы написать 1а класс, класс 10г, но на практике такой вариант не используется.

Наиболее распространены варианты оформления с прописной литерой, заключенной в кавычки: наш 10-й «Б», поступил в 1-й «А» класс и т. д. Такое оформление особенно уместно в тех случаях, когда литера располагается не сразу после числительного (или когда числительное вообще отстутствует): 10-й класс «Б»; классы «А» и «Б».

При написании числительного словом используется аналогичное оформление: первый «А» класс, десятый «Б». Ср.: Здесь можно было переждать какую-нибудь опасность, покурить, поговорить с девчонкой – словом, свой девятый «В» Мельников не случайно обнаружил именно здесь. Г. Полонский, Доживем до понедельника. Служкин запустил девятый «А» в кабинет и раскрыл классный журнал. А. Иванов, Географ глобус пропил.

Предлагаем такой вариант.

Призерами конкурса признаны: в возрастной категории 4–6 классы – Иванов Иван Иванович, учащийся 6 класса МБОУ «Школа»; Иванов Иван Иванович, учащийся 6 класса МБОУ «Школа»; в возрастной категории 7–9 классы – Иванов...

Корректно: С глубоким уважением и наилучшими пожеланиями, ученики 2-го класса.