Возможны варианты: уничтожать микробы и микробов. Но в данном контексте предпочтительно (в целях снятия падежной омонимии миробы им. п. - микробы в. п.): растения уничтожают микробов.
Пунктуация верна.
Ошибки нет.
Запятые нужны.
Предложение (Этимология... знает) построено некорректно.
Разница в написании связана с разницей в произношении этих прилагательных: под ударением в этих словах мы пишем то, что слышим.
Запятая нужна, таким образом выделяется пояснительный член предложения задолго до атомной войны между двумя видами.
Ваш вариант расстановки знаков верный.