Да, вынуть – единственное в русском языке слово без корня. Когда-то в этом слове корень был, но утратился вследствие исторических преобразований. Слово появилось по аналогии с глаголами на -нуть (типа двинуть) на базе вынять, производного от яти 'брать' (от него же образован и глагол взять).
Возможно, этот глагол образован с помощью приставки с- от зафиксированного в словарях литературного языка слова шамать 'есть, принимать пищу'. Оно маркируется как просторечное, грубое, разговорно-сниженное. Тогда сшамать означает 'съесть'. Однако не исключены и другие значения. Например, в словаре В. И. Даля шамать – 'пришептывать по-стариковски', 'шаркать ногами', 'ходить вяло', 'волочить ноги', 'подкрадываться'. В «Словаре русского арго» шамать толкуется как 'есть, жевать, кусать'.