Да, запятая нужна. Оборот с несмотря на требует выделения запятыми.

Все предложения корректны и по смыслу синонимичны, но имеют стилистические различия. Вариант с бессоюзным сложным предложением уместен в повествовании, например: Захожу в комнату. Вижу: кот спит (двоеточие в бессоюзном сложном предложении с изъяснительными отношениями можно заменить на тире). В этом же контексте может быть употреблено и предложение Вижу спящего кота, но повествование будет менее динамичным, а действительное причастие настоящего времени (спящего) придаст ему книжный характер. Такое предложение более уместно в описании, где спящий кот — одна из деталей картины, например: Вижу уютную комнату. Вижу спящего кота. Вижу часы на стене...

С грамматической точки зрения оборот включая проведение исследований относится к сочетанию с профилактической целью.

В таком контексте союз и имеет присоединительное значение (= «притом»). Присоединительные конструкции обособляются: Всё это, и не только [это], вы найдете у нас.

Сочетание в целом не выделяется запятыми.

Подлежащее, присоединяемое сочетанием а затем и, связано со сказуемым, что проявляется, например, в форме числа этого сказуемого. Так, в одном из приведенных Вами примеров сказуемое одобрили явно относится не просто к первому подлежащему кабинет министров, а к соединению двух подлежащих — кабинет министров, а затем и парламент; запятая после подлежащего парламент нарушает синтаксическую связь между ним и сказуемым.

В параграфе 12.7 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя есть правило: «После однородного члена предложения, присоединяемого союзом а также или а то и, запятая не ставится, т. е. он не обособляется: Всеобщая грамотность населения, а также широкая пропаганда научных знаний должны способствовать неуклонному росту культуры в нашей стране; Бывает трудно, а то и невозможно сразу разобраться в подобной ситуации». Союзное соединение а затем и выражает те же отношения факультативного присоединения, что и а также и а то и, поэтому правило можно применить и здесь.

Да, в предложении Я делал всё, как ты просил нужна запятая перед как. Она отделяет придаточное предложение от главного.

Использование слова благодарности (во множественном числе) — принятый и самый частый в современной практике вариант оформления названия раздела. Форма отражает множественность отдельных актов признательности, адресованных разным людям или организациям.

Это традиционное произношение отмечено как допустимое в современном языке, например, в следующих нормативных словарях: Резниченко И. Л. Орфоэпический словарь русского языка. М., 2003. С. 67; Большой академический словарь русского языка. Т. 2. СПб.; М., 2005. С. 78.

Определения внезапный («в высшей степени неожиданный») и всепоглощающий («захватывающий всё существо») характеризуют чувство с разных сторон, но могут быть объединены тем, что подчеркивают высокую степень чувства. Соответственно, возможны оба варианта — как с запятой, так и без.