Нет, эту фамилию склонять не следует.
Правильно: книга Джеймса Марсии.
Запятую можно оставить. См. «Справочник по пунктуации».
Да, запятая нужна.
Да, запятую надо поставить.
Корректно: Поддерживается версия протоколов 1 и 2.
Запятую лучше поставить.
Фамилии на -ия склоняются (и мужские, и женские): преступления Берии, фильмы Данелии. Фамилии на -иа не склоняются (ни мужские, ни женские).