Да, пунктуация верна.
Сочетание имеет под собой цель трудно признать корректным. Лучше сказать так: Цель этой операции – наведение порядка...
Словарями такое значение не отмечается. См., например, «Большой толковый словарь русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова или «Большой академический словарь русского языка». Однако слова могут употребляться не только в словарном значении, в контексте слово может приобрести новый смысл. Чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно проводить лексикологическое исследование. Возможно, значение, о котором Вы спрашиваете, отмечено в картотеках Института лингвистических исследований РАН.
1. Оба варианта возможны. 2. Правильно с предлогом В.