Такая проверка безударного гласного возможна.
Специального правила для склонения названий пещерных городов Крыма, конечно, нет. Есть общие закономерности склонения и практика употребления. Названия Тепе-Кермен и Бакла склоняются, см., например, статьи в «Большой российской энциклопедии» «Крым» (ср. близ Эски-Кермена) и «Бакла».
Прозвища пишутся без кавычек: Гордон Шакал Кейрос. Гордон Кейрос, он же Шакал. Шакал зарабатывал на жизнь тем, что...
Да, выделяется. Это вводное слово.
Во втором случае можно говорить об уточняющем обороте. Непонятно, какова цель этих рассуждений.