Между однородными членами во всех случаях нужно поставить запятую.
Корректно: Петропавловский собор. Правило, о котором Вы пишете, к сожалению не вполне отражает закономерности, действующие в области написания сложных прилагательных. Уточненные правила можно прочитать в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря», см. параграфы 47–51.
Верно: в микрорайоне Бутово.
Фундаментальная "Православная энциклопедия" фиксирует вариант с запятой.
Правильно.
Знаки препинания стоят правильно.
В этом предложении запятые не нужны: На территории храма в дневное время трудится 5-6 человек.
Корректно: обнаружено 0,55 грамма.