Согласно «Орфографическому словарю» РАН существительное аллель женского рода.
Выбор предлога зависит от контекста, например: поехать в НПО, жалоба на НПО.
Правильно: по возвращении, по прибытии. Предлог по в значении 'после чего-либо' употребляется с предложным падежом.