Возможны оба приведенных варианта.
В конструкциях с составными числительными, оканчивающимися на два, три, четыре, винительный падеж сохраняет форму именительного независимо от категории одушевленности: усыновили двести два ребенка.
Возможное написание: Ковчег Завета.
Пояснение (т. е. обозначение одного и того же понятия другими словами) обособляется: 1 августа, в среду, состоится... и в среду, 1 августа, состоится...
Такое сочетание вполне корректно.
См. в «Непростых словах».