Пунктуация верна. В этом предложении нужна одна запятая – после слова добродетель. Деепричастие, имеющее в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения, от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием.
Оба сочетания возможны, выбор предлога зависит от контекста. Ср.: за весь срок действия заграничного паспорта так ни разу и не выехал из России и эти условия распространяются на весь срок действия договора.
Корректно:
Ось также можно передвинуть, задав желаемую позицию. Для этого необходимо заполнить...
Возможно согласование как по форме ед. ч., так и по форме мн. ч.
Гласная здесь является окончанием, а -сь – постфиксом.