В пункте 4 параграфа 36.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится, что в подобных случаях «после союза однако запятая обычно ставится».
Это сложноподчиненное предложение, в котором придаточная часть (изъяснительная) находится перед главной частью и присоединена к ней союзом-частицей ли. Поскольку в начале придаточной части находится сочетание союза и частицы а вот, перестановка частей невозможна (сравним: *По сей день остаётся загадкой, а вот может ли она летать на самом деле), между частями предложения нужно поставить тире: А вот может ли она летать на самом деле — по сей день остаётся загадкой.
Знаки препинания во фрагменте расставлены корректно.
Если время указано после даты, то оно играет уточняющую роль; при этом для правильного построения предложения предлог нужно повторить: Договорились о звонке на 5 мая, на 11 часов, по результатам письменного обращения.
Как указано в «Справочнике по пунктуации», в сочетании что (,) если обычно ставится запятая, но на практике встречаются примеры оформления этого сочетания без запятой. Поскольку рассматриваемое сочетание представляет собой частицу, к тому же близкую по смыслу частице а ну как, отсутствие запятой в сочетании нельзя считать ошибкой. Постановка запятой в этом сочетании обусловлена, вероятно, тем, что местоимение что содержит в себе «следы» грамматической основы, сравним: Что будет, если?...; Что было бы, если?...
Что касается тире, то в первом из приведенных предложений оно поставлено между подлежащим душа и рядом однородных сказуемых, выраженных предложно-именными сочетаниями, соединенными союзом не... а... В таких случаях тире обычно не ставится (но обратим внимание на некатегоричную формулировку правила, включающую слово обычно).
Во втором предложении тире поставлено перед присоединительной конструкцией. Поскольку в предложении нет специальных слов, отмечающих такую конструкцию (типа даже, особенно, например и т. д.), выделение или невыделение этой части знаками препинания зависит только от намерений автора (см. параграф 85 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Если он хочет сделать акцент и на слове разговор, и на однородном ряде о боли, любви, слабости и выборе, то тире нужно. Если ему достаточно сделать акцент только на этом однородном ряде (на него автоматически падает фразовое ударение, потому что он занимает конечную позицию в предложении), а слово разговор не подчеркивать, то тире не нужно.
В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано следующее.
Слова на -мый (причастия и отглагольные прилагательные) пишутся раздельно, если они употребляются без не и при этом имеют:
а) в качестве пояснительных слов местоимения и наречия, начинающиеся с ни;
б) усиливающие отрицание сочетания далеко не, вовсе не, отнюдь не и др.;
в) усиливающий отрицание повторяющийся союз ни... ни;
г) зависящие от них существительные в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия.
Во всех остальных случаях они пишутся слитно.
В примере невидимые за листьями нет ни одного из условий для раздельного написания, поэтому нужно писать слитно.
По правилам координации здесь действительно нужно тире вместо дефиса: клеточные линии — продуценты рекомбинантных белков. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
В этом предложении нужно обособить причастный оборот, в других позициях запятые не нужны: Достоверность сведений, указанных в исполнительном документе, подтвердил секретарь судьи Ивановой М. А. — Кузнецов И. В. по телефону 8(ХХХ)ХХХ-ХХ-ХХ.
В справочниках нет правил постановки двоеточия перед ссылкой. Строго говоря, структура предложения не требует постановки каких-либо знаков препинания после слов ссылка, адрес, телефон, однако на практике здесь часто ставится двоеточие как предупреждающий знак, сравним: ...по вопросу проведения капитального ремонта общего имущества многоквартирного дома, расположенного по адресу: г. Москва, Фурманный пер., д. 7; Звоните нам по телефону: 8-800...
Именно такие конструкции в справочниках по правописанию не представлены, но постановку/непостановку запятой можно объяснить структурным (синтаксическим, грамматическим) принципом русской пунктуации, который взаимодействует со смысловым принципом. Так, причастный оборот, стоящий после определяемого слова, в общем случае обособляется, но если включен в состав сказуемого (До шалаша мы добежали промокшие насквозь), то не обособляется. В этом случае он связан не только с определяемым существительным (местоимением), но и с глаголом, составляя смысловой центр предложения. Представляется, что то же самое наблюдается и в приведенном Вами предложении: причастный оборот тесно связан с порядковым числительным по смыслу и входит в состав именной части сказуемого, а потому запятая перед ним не ставится. Добавим, что «в присутствии» существительного всё было бы иначе, сравним: Ежегодные старты стали 43-ми по счету стартами, проходившими в столице Южного Урала.
