Проблема в том, что вторая часть совета оформлена как отдельное предложение, почему оно и выглядит грешащим неполнотой. Ситуацию, как нем представляется, могло бы исправить объединение предложений. Например: Советуем сначала подождать 3 часа (иногда билет может не приходить сразу), а если это время уже прошло, всё же дополнительно проверить папку «Спам» (временами письма попадают туда).

Правильно: 6,9 гектара (шесть целых девять десятых гектара). В форме родительного падежа множественного числа предпочтительна форма гектаров (например, шесть гектаров).

Предложения 1) Хочется Шухову спросить бригадира; 2) боязно [Шухову] перебивать его высокую думу являются безличными. В первом главный член хочется спросить реализует модель составного глагольного сказуемого с модальной связкой (модальная связка выражает, помимо обязательного грамматического значения сказуемого, отношение субъекта к действию, обозначенному инфинитивом). Во втором главный член боязно + нулевая формальная связка + спросить реализует модель усложненного составного глагольного сказуемого (или: сложного трехчленного сказуемого). В нем боязно играет роль модального компонента (не связки, потому что не выражает грамматического значения сказуемого — именно из-за этого и появляется формальная связка, которая является нулевой в настоящем времени и ненулевой во всех остальных случаях, ср. боязно было спросить), а инфинитив — смысловой компонент сказуемого.

Выражение без разницы, употребляемое в значении сказуемого, вполне литературно. В программе «Наблюдатель» речь шла лишь о том, что оно уместно далеко не в любом тексте (например, едва ли его можно употребить в официально-деловом документе).

Правильным, строго говоря, является полный падежный вопрос: кто / что?, кого / чего? и т. д. Только задавая полный вопрос, мы можем обезопасить себя от ошибки в определении падежа, не спутав родительный с винительным или именительный с винительным.

Если же вас интересует, в одушевленном или неодушевленном качестве мыслится рыба, то можно сказать следующее.

Рыба — одушевленное существительное. Но одиночный вопрос кого? (уже не падежный, а смысловой) является осмысленным только в том случае, когда речь идет об одной определенной особи — например, о той рыбе, которую ловил старик в повести Э. Хемингуэя «Старик и море». Сходным образом в повести В. Астафьева «Царь-рыба» речь идет тоже об определенной рыбе (особенно с того момента, когда она попалась на крюк). Применительно к подобным ситуациям можно спросить, кого именно ловил человек. Когда же речь идет просто о ловле рыбы (Старик ловил неводом рыбу), ловят что, а само существительное рыба употребляется в собирательном значении.

Корректно: планы на выходные, но в выходные мы решили отдохнуть.

Корректно: проблема утечки газа. Форма единственного числа существительных нередко используется в значении множественного: например, в случаях, когда существительное имеет обобщающее значение.

Корректно дефисное написание.

Гипотетически ситуация, в которой сочетание по приезду используется в значении по какому признаку (ср.: по его виду, по выражению его лица мы поняли, что...), возможна. Однако контексты типа по приезду Димы/сестры я понял недостаточно внятны, чтобы в них можно было бы усмотреть такое значение и не заподозрить грамматическую ошибку.

Вы правы, запятая не нужна. Если вводное слово или вводное сочетание слов стоит в начале или в конце обособленного члена предложения, то оно не отделяется от него знаком препинания, т. е. запятые выделяют член предложения вместе с вводным словом.