В этом сложноподчиненном предложении главная часть находится внутри придаточной (а кроме того, в придаточной части специфический порядок слов), сравним обычную последовательность: Сам сейчас поймёшь, на что пал выбор. В подобных случаях запятая обычно ставится только после главной части: Выбор пал сам сейчас поймёшь, на что. Однако, как отмечается в пункте 2 раздела 21 справочника Д. Э. Розенталя по пунктуации, устойчивого правила здесь нет; в практике письма встречается и выделение главной части с обеих сторон типа: Выбор пал, сам сейчас поймёшь, на что.

Запятая не нужна: две части сложносочиненного предложения объединены вопросительной интонацией и вводным словом получается (см. пункты 2 и 5 параграфа 112 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). 

Запятая перед союзным словом что нужна: что это — придаточное изъяснительное (зависит от глагола понимаешь).