Если речь идет именно о дереве, то уместно использование слова кофе как существительного среднего рода: кофе дало щедрый урожай. Хотя, конечно, такое использование слова не является широкоупотребительным; более того, это значение не отмечается толковыми словарями русского языка.
Правильно: со щедрым урожаем. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Запятая после особенно не требуется. В остальном пунктуация верна.