Оба варианта возможны, но предпочтительно использование формы ед. числа.
В обоих значениях возможно: трюфелЯ и трЮфели. В «Русском орфографическом словаре» РАН под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой и «Орфоэпическом словаре русского языка» под ред. Р. И. Аванесова эти варианты даны как равноправные.