Верно: ФеОдор.

Дядя Федор – это сочетание, которое можно воспринимать по-разному. Слово дядя имеет значение 'мужчина', поэтому в сочетании с именем собственным по отношению к ребенку оно может осмысляться целиком как имя персонажа. А в именах все слова пишутся с прописной буквы. Однако кажется возможным и другое понимание. Словом дядя шутливо называют сильного и рослого мужчину. Такое обращение вполне возможно и к мальчику. В этом случае написание дядя Федор правильно.

См. в "Письмовнике".

При наличии двух мужских имен фамилия употребляется в форме множественного числа: Федор и Сергей Бондарчуки.

Указанные запятые не нужны.

Эти имена имеют разное происхождение.

Запятая нужна: 13 февраля 1745 г. в России родился человек, которому было суждено стать одним из самых выдающихся военачальников за всю отечественную историю, – адмирал Федор Федорович Ушаков.

Следует использовать описательную конструкцию: отравлены химическими веществами.

Да.