Употребление зависит от контекста, чаще употребляют сочетание тревожный признак. Однако обратите внимание, что фактор - обстоятельство, способствующее чему-либо, влияющее на что-либо, а признак - это показатель, знак.
По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.
Предпочтительно слитное написание.