Это краткое прилагательное, пишется с двумя Н, как и полное прилагательное.
Верно: Как бы ни было сложно...
Правило таково: конструкции с местоименными словами и частицей ни (часто — с предшествующей частицей бы) всегда являются частью уступительных придаточных предложений.