Варианты равноправны, выбор за Вами.
Да, корректно с запятой перед словом лотос: Символ молодости и красоты, лотос – живой свидетель многих геологических эпох.
В первом предложении обособляется не слово лотос, а слова символ молодости и красоты, которые являются распространенным приложением, стоящим перед определяемым словом. Ср.: Лотос, символ молодости и красоты, – живой свидетель многих геологических эпох.
В современном русском языке у слова свидетель выделяется корень свиде- (согласно «Морфемно-орфографическому словарю» А. Н. Тихонова).